乙肝核心抗体低可能是机体曾感染过乙肝病毒但已恢复，且自身免疫力较强将病毒清除，体内乙肝核心抗体水平较低。一般来说，正常人体内乙肝核心抗体数值较低是相对常见的情况。
检测方法影响
检测灵敏度差异： 不同的乙肝核心抗体检测方法灵敏度有别。比如有些灵敏度较低的检测手段，可能会出现实际体内乙肝核心抗体水平不低，但检测结果显示低的情况。一些常规的血清学检测，若方法学本身的检测下限较高，就可能导致看似乙肝核心抗体低的假象。检测样本因素： 检测时的样本采集、处理及保存等环节也会有影响。如果样本采集过程不规范，或者保存时间过长、保存条件不当等，都可能干扰检测结果，使得乙肝核心抗体检测值出现偏差，让人误以为乙肝核心抗体低。
自身免疫状态
免疫力较强人群： 当人体感染乙肝病毒后，自身免疫系统能较好地发挥作用，快速清除病毒。在这个过程中，身体产生的乙肝核心抗体可能在清除病毒后逐渐下降，处于相对较低水平。例如一些免疫系统功能正常且对乙肝病毒清除较快的成年人，乙肝核心抗体水平往往不会很高。免疫功能低下者： 与之相反，免疫功能低下的人，感染乙肝病毒后可能不能很好地产生足够量的乙肝核心抗体，也可能出现乙肝核心抗体低的情况。比如患有某些免疫缺陷疾病的患者，或者长期使用免疫抑制剂的人群，其体内乙肝核心抗体的产生会受到影响。
既往感染情况
既往隐性感染： 有些人可能曾经有过乙肝病毒的隐性感染，即感染病毒后自身没有明显的临床症状，但通过自身免疫已经将病毒清除，此时体内会产生少量乙肝核心抗体，不过水平较低。这种情况在一些既往有过接触但未发病的人群中较为常见。接种疫苗影响： 接种乙肝疫苗后，人体免疫系统会产生免疫应答，但部分人产生的乙肝核心抗体量相对较少，也会出现乙肝核心抗体低的情况。一般乙肝疫苗接种后产生的抗体以乙肝表面抗体为主，乙肝核心抗体产生量通常较少，所以从检测结果上看可能乙肝核心抗体水平较低。