颅骨骨瘤的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下几方面因素有关。首先是遗传因素，有研究发现部分颅骨骨瘤患者存在一定的遗传倾向，虽然具体的遗传方式等还在进一步研究中，但遗传因素在其发病中起到了一定作用。
胚胎发育异常导致
在胚胎发育过程中，如果出现异常情况，可能会引发颅骨骨瘤。比如在颅骨的胚胎形成阶段，细胞的分化、增殖等过程发生紊乱，就有可能导致局部组织异常增生形成骨瘤。这种胚胎发育异常往往是在胎儿时期就已经奠定了基础，但具体的诱发胚胎发育异常的因素目前还不是完全清晰，可能与母体在孕期的一些不良因素有一定关联，不过还需要更多的研究来明确。
基因突变影响
基因的突变也可能是颅骨骨瘤的诱因之一。人体细胞内的基因如果发生突变，会影响细胞的正常生长、分化和增殖等过程。当与颅骨相关的基因发生突变时，就可能导致颅骨局部组织异常生长，进而形成骨瘤。目前已经发现一些特定基因的突变与颅骨骨瘤的发生存在相关性，但具体是哪些基因以及如何通过基因突变导致骨瘤形成的机制还在不断探索中。
外伤刺激因素
头部受到外伤后，也有可能刺激颅骨组织，引发骨瘤。虽然外伤导致颅骨骨瘤的具体机制尚不十分明确，但有临床病例观察发现，部分颅骨骨瘤患者有头部外伤史。头部外伤可能会引起颅骨局部的组织损伤、出血等情况，机体在修复过程中可能出现异常的骨组织增生，从而形成骨瘤。不过并不是所有头部外伤的人都会发生颅骨骨瘤，只是外伤可能是一个诱发因素，但这也需要结合个体的自身状况等综合来看。