密集恐惧症的成因目前尚未完全明确，但有一些相关因素被认为可能与之有关。目前并没有一种特定的单一因素能完全解释密集恐惧症的发生，不过从多个方面来看，以下相关因素可能起到作用。
遗传因素相关
有研究发现，遗传因素可能在密集恐惧症的发生中起到一定作用。如果家族中有亲属患有类似的恐惧症，那么个体患密集恐惧症的风险可能会相对较高。虽然具体的遗传机制还不十分清晰，但基因在一定程度上会影响个体对某些刺激的敏感程度和情绪反应模式，从而与密集恐惧症的发生有联系。
大脑神经机制方面
从大脑神经机制角度来看，当人接触到密集排列的物体等诱发密集恐惧症的刺激时，大脑中的某些神经通路会被激活。例如，负责情绪处理和感知的脑区可能会出现异常的反应。比如，视觉皮层接收到密集物体的视觉信息后，会传递到杏仁核等与情绪相关的脑区，导致杏仁核过度活跃，进而引发恐惧、焦虑等情绪反应。这种大脑神经回路的异常可能是导致密集恐惧症产生的内在生理基础之一。
早期经历影响
早期的生活经历也可能与密集恐惧症的形成有关。如果个体在儿童时期曾经有过与密集排列物体相关的不愉快经历，比如看到过让自己感到不适甚至恐惧的密集图案或场景，并且这种经历给心理造成了较深的影响，那么就有可能在日后形成对类似密集刺激的恐惧反应，逐渐发展为密集恐惧症。例如，有的孩子小时候看到过密集排列的虫卵等画面，可能就会在潜意识里对密集的事物产生抵触和恐惧情绪，随着成长这种情绪可能固化为密集恐惧症。