黄体囊肿通常可自行消退，一般无需特殊治疗，但如果发生破裂、扭转等情况则需要相应处理。一般来说，约90%的黄体囊肿会在月经周期后自行消失。
自行观察随访
无症状小囊肿： 如果黄体囊肿较小，没有引起明显症状，比如肚子不痛、不出血等，通常医生会建议定期复查超声，一般间隔1~2个月复查一次，观察囊肿大小变化。比如囊肿直径小于5厘米，且没有持续增大或其他异常表现时，可先观察。生理性黄体囊肿： 多数黄体囊肿属于生理性的，会随着月经周期变化自然消退，一般不需要药物或手术干预，定期监测即可。
手术治疗情况
囊肿破裂或扭转： 当黄体囊肿发生破裂，出现剧烈腹痛、大量内出血等情况，或者发生扭转，导致剧烈腹痛时，通常需要手术治疗。手术方式包括腹腔镜手术等，通过手术去除囊肿，避免更严重的后果。比如破裂导致腹腔内出血较多，影响生命体征时，必须紧急手术。囊肿持续存在且较大： 如果黄体囊肿持续存在，直径大于5厘米，并且持续不消退，医生可能会考虑手术切除。尤其是怀疑囊肿有恶变可能时，更需要手术明确诊断并处理。
药物辅助情况
止血药物： 当黄体囊肿破裂导致出血时，可能会使用止血药物来减少出血。例如氨甲环酸等，但药物只是辅助治疗手段，严重时仍需手术。缓解疼痛药物： 如果黄体囊肿引起腹痛，可根据情况使用非甾体抗炎药来缓解疼痛，如布洛芬等，但这只是对症处理，不能从根本上解决囊肿问题。