阴茎根部的小疙瘩，硬硬的，可能是以下原因：
1.皮脂腺囊肿：这是一种由皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀而形成的潴留性囊肿。其特点是圆形肿物，单发或多发，质地硬，有弹性，高出皮面，有波动感，无自觉症状。一般无需治疗，如继发感染，可有疼痛、化脓。如果影响生活或美观，可以手术切除。
2.传染性软疣：这是由传染性软疣病毒感染引起的一种传染性皮肤病。其特点是在阴茎根部有半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。一般通过直接接触传染，也可自体接种。治疗方法是用消毒镊夹住疣体，将内部软疣小体全部挤出，然后涂以2%碘酊，可有效去除。
3.阴茎硬结症：这是一种发生在阴茎海绵体两层筋膜之间的一种结缔组织增生性疾病。其特点是阴茎上有硬结或斑块，可伴有疼痛、勃起功能障碍等。目前病因不明，可能与遗传、损伤、感染等因素有关。一般无特效疗法，可根据病情选择保守治疗或手术治疗。
4.其他：还有可能是阴茎丘疹、尖锐湿疣、梅毒硬下疳等疾病。
由于引起阴茎根部小疙瘩的原因较多，且可能会影响到生殖健康，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以便采取适当的治疗措施。