脓血便的治疗需要根据具体病因来定。一般来说，若是细菌性痢疾导致的脓血便，可使用抗生素等药物治疗，但具体用药需遵医嘱。
病因不同治疗有别
肠道感染性疾病导致的脓血便：
细菌性痢疾：由痢疾杆菌引起，可选用喹诺酮类抗生素，如环丙沙星等，但18岁以下青少年禁用喹诺酮类药物，需换用三代头孢等药物，如头孢曲松。阿米巴痢疾：由溶组织内阿米巴感染所致，可使用甲硝唑，它能作用于阿米巴原虫的氧化还原系统，使原虫氮链发生断裂。
非感染性肠道疾病导致的脓血便：
溃疡性结肠炎：常用氨基水杨酸制剂，如柳氮磺吡啶，它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制前列腺素合成，减轻炎症。糖皮质激素如泼尼松也可使用，能迅速缓解炎症，但长期使用可能有副作用，需密切监测。克罗恩病：同样可使用氨基水杨酸制剂，如美沙拉嗪，作用机制类似溃疡性结肠炎中的5-氨基水杨酸。免疫抑制剂如硫唑嘌呤也会用到，它可抑制免疫反应，但可能导致骨髓抑制等不良反应，需定期检查血常规。
其他系统疾病累及肠道导致的脓血便：
缺血性结肠炎：多见于老年人，治疗上要改善肠道供血，如纠正休克、补充血容量等。若有血管狭窄等情况，可能需要介入治疗或手术治疗来恢复肠道血运。过敏性紫癜：若累及肠道出现脓血便，需使用抗过敏药物，如氯雷他定，同时可使用糖皮质激素，如地塞米松，减轻肠道的过敏炎症反应。但糖皮质激素使用要注意剂量和疗程，避免长期大剂量使用带来的不良反应。