阴茎上根部长了一个肉疙瘩可能由多种原因引起，比如珍珠状阴茎丘疹、尖锐湿疣、皮脂腺囊肿等。一般来说，具体的处理方式需根据病因来定。
可能的病因分析
珍珠状阴茎丘疹：
表现特征： 通常是环绕阴茎冠状沟的淡红色小丘疹，呈珍珠状，大小均匀，无自觉症状。多发生在20 - 40岁左右的男性。它可能与局部刺激、生理发育变异等有关，一般不需要特殊治疗，注意保持局部清洁卫生即可。尖锐湿疣： 由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，肉疙瘩可呈菜花状、乳头状等，常伴有局部瘙痒、疼痛等不适。有不洁性生活史的人更容易患病，需要及时就医，医生可能会采用激光、冷冻等方法去除疣体。
如何初步判断
观察形态与发展：
如果肉疙瘩是长期存在、无明显变化、表面光滑，可能是珍珠状阴茎丘疹。而如果肉疙瘩短期内迅速增大、增多，形态不规则，就要警惕尖锐湿疣等情况。
询问相关病史：
要询问是否有不洁性生活史，这对判断尖锐湿疣等性传播疾病很关键。同时，也要了解局部是否有过外伤、感染等情况。
就医建议
及时就诊：
当发现阴茎上根部长了肉疙瘩时，应尽快到皮肤科或泌尿外科就诊。医生一般会通过视诊、病史询问等初步判断，必要时可能会进行病理检查等进一步明确诊断。
避免自行处理：
不要自行用手挤压、搔抓肉疙瘩，以免引起感染或导致病情加重。同时，不要自行涂抹不明药物，因为不对症的药物可能会延误病情或加重局部损伤。