硫酸阿托品眼用凝胶可能出现多种副作用。常见的有眼部不适，如短暂的眼部刺痛、烧灼感等；还可能引起全身反应，比如口干、皮肤潮红等；对于儿童等特殊人群，可能会有心率加快等情况；另外，个别人可能出现视物模糊加重等表现。
眼部局部副作用
使用后可能出现眼部短暂的刺激症状，像眼部有轻微的刺痛感，这是因为药物对眼部黏膜有一定的刺激作用，一般短时间内可缓解，但如果症状持续不消失或加重，需及时关注。
全身副作用
部分人会出现口干症状，这是由于药物抑制了腺体分泌所致。还有可能出现皮肤潮红，这是因为药物影响了外周血管的舒张等功能。
特殊人群副作用
儿童使用时需格外注意，可能出现心率加快的情况，因为儿童的心血管系统对药物的敏感性相对较高。而且儿童的代谢等功能与成人不同，对药物副作用的耐受程度也有差异。
其他可能副作用
少数人可能出现视物模糊加重的情况，这是因为药物的散瞳等作用可能会对视觉产生一定影响，影响到正常的视物清晰度。