一、影响肠道菌群平衡
酵素梅中含有的成分可能干扰肠道内原本平衡的菌群环境，长期食用可能导致有益菌数量减少，有害菌相对增多，进而影响肠道正常的消化吸收功能，出现腹胀、腹泻或便秘等肠道不适症状。比如有研究发现，长期依赖含特殊成分的酵素梅可能打破肠道菌群的动态平衡，使肠道功能紊乱。
二、可能引发营养吸收障碍
肠道菌群失衡后，会影响对一些营养物质的正常吸收，像维生素、矿物质等的吸收可能受到阻碍，长此以往可能导致身体出现营养缺乏的情况，例如维生素缺乏可能引起皮肤干燥、免疫力下降等问题。
三、对肝肾功能可能产生潜在影响
酵素梅进入人体后需要经过肝肾功能的代谢，长期大量食用可能加重肝肾的代谢负担，虽然目前具体机制尚不明确，但已有一些观察发现长期食用此类产品可能对肝肾功能有一定潜在不良影响，尤其是本身肝肾功能较弱的人群更需注意。
四、可能导致肠胃功能依赖
长时间食用酵素梅，肠胃可能会依赖其作用来维持排便等功能，一旦停止食用，可能会出现排便困难等情况，形成一种不良的循环，影响正常的肠胃自主调节功能，对于本身肠胃功能就相对较弱的人群，如老年人、肠胃功能较差的人，这种影响可能更为明显。