胆结石的药物治疗需根据具体情况选择，一般来说，熊去氧胆酸是常用的溶石药物之一，但它通常适用于胆固醇结石且胆囊功能较好的患者，一般需要连续服用数月甚至更长时间才能见到一定效果。比如对于一些较小的胆固醇结石，可能需要服用3-6个月甚至更久来观察结石是否有溶解迹象。
溶解结石类药物
熊去氧胆酸： 作用机制是通过抑制肝脏胆固醇的合成，增加胆汁中熊去氧胆酸的含量，从而降低胆汁中胆固醇的饱和度，使胆固醇结石逐渐溶解。不过，它有一定的适用条件，比如胆囊必须有收缩功能，而且结石直径一般要小于2厘米等。鹅去氧胆酸： 同样是通过改变胆汁成分来发挥溶石作用，但它的副作用相对熊去氧胆酸可能稍大一些，现在临床应用相对熊去氧胆酸没那么广泛了。
缓解症状类药物
消炎利胆片： 具有清热、祛湿、利胆的作用，可缓解胆结石引起的右上腹隐痛、胀满等不适症状。它能一定程度上减轻胆道炎症，改善患者的主观不适感觉，但不能从根本上解决胆结石问题。胆宁片： 由大黄、虎杖、青皮等多种中药组成，有疏肝利胆、清热通下的功效，也可用于缓解胆结石患者出现的右上腹隐痛、食入作胀等症状，帮助改善胆道的运化功能。
抗感染类药物
当胆结石引起胆道感染时，会用到抗感染药物。比如头孢类抗生素，像头孢呋辛酯等，这类药物可以针对胆道常见的细菌感染进行治疗，控制炎症。但使用这类药物前需要注意患者是否有头孢类药物过敏史，如果有过敏情况则不能使用，而且一般需要根据细菌培养和药敏试验结果来选择合适的抗生素，但在经验用药时，头孢类药物是常用的选择之一。
排石相关药物
金钱草颗粒： 有清利湿热、通淋、消肿的作用，在一定程度上可能有助于小结石的排出，但它的排石效果个体差异较大。一般需要配合适当的运动等，比如每天多喝些水，适当跳绳等，来辅助结石的排出，但不能单纯依赖它来排石，而且对于较大的结石，它基本没有作用。排石颗粒： 由连钱草、车前子、木通等多种中药组成，具有清热利水、通淋排石的功效，可用于治疗肾脏结石、输尿管结石、膀胱结石等属于湿热下注证者，对于胆结石是否能起到排石作用，相对来说不如对泌尿系结石那么肯定，但也有一定的辅助缓解症状和促进小结石排出的可能。