阴茎根部长硬疙瘩可能由多种原因引起，比如常见的有阴茎硬结症，这是一种结缔组织疾病，可能在10%左右的男性中出现相关症状。
原因一：阴茎硬结症
硬结形成机制： 阴茎海绵体白膜发生纤维化病变，从而形成硬结。患者可能会感觉阴茎勃起时疼痛，并且勃起会出现弯曲畸形。一般这种情况发展较为缓慢，可能数月甚至数年才会有明显变化。伴随症状： 部分患者除了有硬疙瘩外，还可能伴有阴茎勃起功能障碍等问题。
原因二：毛囊炎
毛囊感染引发： 阴茎根部的毛囊受到细菌感染时，就会出现炎症反应，表现为长硬疙瘩。通常是单个毛囊发病，刚开始可能只是局部红肿，随着病情发展，疙瘩会变硬，还可能伴有疼痛。如果感染加重，疙瘩可能会化脓，能看到白色的脓点。卫生因素影响： 不注意阴茎根部的清洁卫生，比如长时间不清洗，或者穿着紧身不透气的内裤，都容易引发毛囊炎。
原因三：皮脂腺囊肿
皮脂腺导管堵塞： 阴茎根部的皮脂腺导管堵塞后，皮脂淤积形成囊肿，就会出现硬疙瘩。皮脂腺囊肿一般边界清楚，质地比较硬，生长缓慢。通常没有明显疼痛，但如果发生感染，就会出现红肿、疼痛加剧的情况。日常刺激影响： 经常摩擦阴茎根部，或者局部皮肤受到外伤等，都可能导致皮脂腺导管堵塞，增加皮脂腺囊肿的发生风险。
原因四：尖锐湿疣
人乳头瘤病毒感染： 由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，属于性传播疾病。初期可能表现为阴茎根部单个或多个淡红色小丘疹，逐渐增大增多，变成质地较硬的疙瘩，表面凹凸不平，呈菜花状、乳头状等外观。传播途径： 主要通过性接触传播，有不洁性生活史的人更容易感染。