肝内钙化灶通常是肝脏既往病变愈合后留下的痕迹，比如约有 0.3% - 0.7% 的人群可能会出现肝内钙化灶。
一、炎症相关原因
1. 胆管炎症遗留：当胆管发生炎症时，比如胆管的慢性炎症，炎症在修复过程中可能会导致局部组织钙化，形成肝内钙化灶。炎症可能由细菌感染等多种因素引起，长期的炎症刺激会使局部组织代谢等发生改变，进而出现钙化情况。2. 肝炎后的表现：一些病毒性肝炎，如乙型肝炎等，在病情恢复过程中，肝脏组织会有纤维修复等情况，部分修复区域可能会出现钙化现象，从而形成肝内钙化灶。
二、寄生虫感染相关原因
1. 肝吸虫感染：如果曾经感染过肝吸虫，肝吸虫在肝脏内寄生过程中，会引起肝脏局部的免疫反应等，之后在修复等过程中可能导致局部钙化形成肝内钙化灶。肝吸虫感染多与食用未煮熟的含肝吸虫囊蚴的淡水鱼虾有关。2. 蛔虫感染残留：曾经有蛔虫感染的情况，虽然蛔虫主要是在肠道内寄生，但少数情况下蛔虫可能会进入胆道等部位，之后在肝脏局部留下一些痕迹，在愈合过程中可能形成钙化灶。
三、先天发育异常相关原因
1. 肝内胆管发育异常：在胚胎发育时期，肝内胆管发育出现异常情况，部分区域的胆管结构等发生改变，随着年龄增长等，可能会出现钙化现象，形成肝内钙化灶。这种先天发育异常导致的钙化灶往往从一开始就存在一定的结构基础问题。2. 肝实质细胞先天变异：肝脏实质细胞在先天发育过程中出现变异，某些细胞的代谢等功能与正常细胞不同，在后续的生理过程中可能引发局部钙化，形成肝内钙化灶。这种情况相对比较少见，但也是导致肝内钙化灶的一个原因。