新生儿颅内出血严重程度不同，后遗症也有差异。一般来说，轻度颅内出血可能遗留约10%左右的轻微后遗症，而重度颅内出血后遗症发生率会高很多。
运动功能障碍方面的后遗症
肢体瘫痪：如果颅内出血影响到运动神经传导通路，可能导致新生儿一侧或双侧肢体瘫痪。比如出血部位在基底节区附近，就可能使上肢或下肢运动功能受限，表现为肌肉无力、活动不灵活等。运动发育迟缓：轻度颅内出血可能导致新生儿运动发育比正常儿落后，3个月时不能抬头、4个月不能翻身等情况相对常见。
智力和认知方面的后遗症
智力低下：重度颅内出血的新生儿，约30% - 50%可能出现智力低下。表现为对周围环境反应迟钝，认知能力落后于同龄儿，比如6个月还不能识别亲人等。学习困难：即使是轻度颅内出血恢复后的儿童，在成长过程中也可能出现学习困难，尤其是在注意力、记忆力和思维能力方面，影响学校学业表现。
癫痫方面的后遗症
癫痫发作：颅内出血后约有5% - 15%的新生儿会出现癫痫。一般在出生后数月至数年发病，表现为肢体抽搐、意识丧失等症状，需要长期服用抗癫痫药物控制。
视力和听力方面的后遗症
视力障碍：颅内出血影响到视觉中枢或视神经时，可能导致视力下降、斜视等问题。比如出血波及枕叶视觉中枢，就可能出现视物不清、视野缺损等。听力障碍：部分新生儿颅内出血会损伤听觉相关的神经结构，导致不同程度的听力减退，影响对声音的感知和语言发育。