怀孕三个月时，一般不建议药流，多建议人流。因为怀孕三个月时，胎儿已经较大，药流完全流产率相对较低，约为80%左右，而人流相对更彻底。
药流的适用情况及限制
药流适用于怀孕49天以内的宫内妊娠。但怀孕三个月时，孕周已超过药流的适宜时间范围，此时药流很难将妊娠组织完全排出体外，容易出现药流不全的情况，需要再次清宫，对身体伤害更大。而且药流是通过服用米非司酮和米索前列醇来促进子宫收缩排出孕囊，过程中可能会伴有较严重的腹痛和阴道流血。
人流的方式及特点
普通人流：
普通人流是通过手术器械直接进入宫腔将胚胎组织吸出。手术过程相对直接，但术中可能会有一定疼痛，不过现在也有一些医院有无痛人流，会在麻醉下进行，术中感觉不到疼痛。普通人流的手术时间较短，一般几分钟即可完成。
无痛人流：
无痛人流是在静脉麻醉下进行的人工流产手术。患者在睡眠状态下接受手术，术中无痛苦。术后恢复相对较快，但术后也需要注意休息和护理。不过，无论是普通人流还是无痛人流，都需要在术前进行相关检查，如B超确认宫内妊娠、血常规、白带常规等，确保身体状况适合手术。
两种方式对身体的影响
药流可能会出现阴道流血时间长、药流不全需要清宫等情况，对子宫内膜的损伤相对人流可能稍小，但出血风险相对较高。而人流如果手术操作规范，对子宫内膜的损伤在术后经过修复大多可以恢复，但如果手术操作不当，可能会导致子宫内膜损伤过度、宫腔粘连等并发症。所以怀孕三个月时，从安全性和有效性角度考虑，人流是更合适的选择，但具体选择还需要根据孕妇的身体状况等由医生综合评估后决定。