胃肠神经功能紊乱常见的症状有消化系统方面的表现，比如约有50%左右的患者会出现食欲减退的情况，吃饭时没有明显的饥饿感，食量减少。还会有腹胀的症状，肚子常常感觉胀满，尤其是在进食后更为明显，有时候会持续数小时甚至一整天。
消化系统症状表现
腹痛： 腹痛是比较常见的症状之一，疼痛部位不固定，多在脐周，疼痛程度轻重不一，一般可以忍受，很少会出现剧烈疼痛。恶心呕吐： 部分患者会有恶心的感觉，严重时可能会出现呕吐，呕吐物多为胃内的消化液，呕吐后症状可能会有一定程度的缓解，但容易反复发生。
精神神经系统症状
焦虑抑郁： 约30% - 40%的胃肠神经功能紊乱患者会伴有焦虑、抑郁的情绪，表现为情绪低落、对事物缺乏兴趣、容易紧张不安等。头晕失眠： 患者可能会出现头晕的症状，同时睡眠也会受到影响，出现入睡困难、多梦、易惊醒等睡眠障碍，长期的睡眠不好又会反过来加重胃肠不适的症状。
其他表现
全身不适： 还可能会有全身乏力的感觉，患者会觉得没有力气，活动耐力下降。另外，有的患者会出现心悸、胸闷等类似心脏方面的症状，但经过相关检查并没有发现心脏有器质性病变。而且症状会随着情绪的变化而波动，比如在紧张、焦虑时，胃肠不适和精神神经系统的症状往往会加重。