黄体功能不全是指卵巢排卵后形成的黄体内分泌功能不足，以致孕激素分泌不足，使子宫内膜分泌转化不足，出现排卵性功血，且不利于受精卵着床，可导致不孕或习惯性流产。导致黄体功能不全的原因主要有以下几方面：
内分泌调节异常
下丘脑-垂体-卵巢轴功能紊乱： 下丘脑分泌的促性腺激素释放激素（GnRH）、垂体分泌的促黄体生成素（LH）和促卵泡生成素（FSH）等激素的分泌失衡，会影响黄体的正常发育和功能。比如，当LH分泌量不足时，就无法有效促使黄体正常分泌孕激素。一般来说，这种内分泌轴的紊乱可能与长期精神压力大、环境改变等因素有关。催乳素水平异常： 体内催乳素水平过高也会干扰黄体功能。过高的催乳素会抑制LH的脉冲式分泌，进而影响黄体的形成和维持。有研究发现，约有一定比例的黄体功能不全患者存在催乳素水平异常升高的情况。
子宫内膜因素
子宫内膜受体异常： 子宫内膜细胞中孕激素受体（PR）的数量和功能异常时，即使黄体分泌了正常量的孕激素，子宫内膜也不能对孕激素产生正常的反应，从而影响受精卵的着床和妊娠的维持。例如，PR缺乏或结构异常，会使子宫内膜不能顺利完成分泌期的变化，不利于胚胎着床。子宫内膜炎症： 子宫内膜发生炎症时，会影响局部的微环境，破坏子宫内膜的正常结构和功能，进而干扰黄体功能相关的一系列生理过程。比如慢性子宫内膜炎患者，炎症因子会影响孕激素的代谢和作用，导致黄体功能不全的发生风险增加。
其他因素
自身免疫因素： 体内存在自身抗体攻击黄体相关细胞时，会影响黄体的正常功能。例如，抗磷脂抗体等自身抗体可能会损伤黄体细胞，导致孕激素分泌减少。有资料显示，部分自身免疫性疾病患者合并黄体功能不全的概率相对较高。酶系统异常： 体内一些与孕激素合成相关的酶系统出现异常，也会影响黄体分泌孕激素的能力。比如，类固醇激素合成酶缺陷等情况，会导致孕激素合成障碍，引发黄体功能不全。另外，过度吸烟、饮酒等不良生活方式，也可能通过影响内分泌等多种途径，间接导致黄体功能不全的发生。