根管治疗后棉花发臭可能是以下原因引起：
1.口腔卫生不良：根管治疗后，口腔内的环境可能会发生变化，容易滋生细菌。如果患者没有做好口腔卫生，食物残渣、细菌等会在口腔内滋生，导致棉花发臭。
2.棉花感染：在根管治疗过程中，棉花可能会接触到口腔内的细菌、血液等物质，如果棉花没有经过严格的消毒处理，就可能会被感染，导致发臭。
3.根管治疗不彻底：如果根管治疗不彻底，根管内仍然存在感染或炎症，就可能会导致棉花发臭。
4.个体差异：每个人的口腔情况和身体反应都不同，有些人可能对根管治疗后的棉花更容易产生异味。
如果根管治疗后棉花发臭，患者可以采取以下措施：
1.保持口腔卫生：使用漱口水漱口，早晚刷牙，使用牙线等工具清洁牙缝，保持口腔清洁。
2.及时就医：如果棉花发臭的情况持续不缓解或伴有其他症状，如牙龈肿痛、牙齿疼痛等，应及时就医，进行进一步的检查和治疗。
3.避免食用刺激性食物：在根管治疗后的一段时间内，应避免食用辛辣、刺激性食物，以免加重口腔不适。
需要注意的是，根管治疗后棉花发臭并不一定意味着治疗失败，但需要引起重视。患者应遵循医生的建议，做好口腔护理，如有异常及时就医。