怀孕40天时流血，可能有以下原因：
一、宫外孕。宫外孕早期往往会出现阴道出血现象，同时还伴有患侧腹痛。此时应尽快做一个彩超来排查是否为宫外孕。对于宫外孕，需要依据患者的具体情况来决定是采取保守治疗还是手术治疗。比如，如果宫外孕包块较小，患者生命体征平稳，且没有明显内出血，可能适合保守治疗；而如果宫外孕包块较大，或出现腹腔内出血等紧急情况，则可能需要手术治疗。
二、先兆流产。在怀孕早期，如果孕妇进行了剧烈运动、从事重体力活动或者有性生活，以及孕囊自身发育存在异常等，都有可能引发先兆流产。一旦出现这种情况，孕妇应及时前往医院，在医生指导下进行相关检查。必要时，要尽快遵循医嘱选择合适的治疗方案进行保胎。比如，可以通过休息、避免剧烈活动等方式来辅助保胎。
三、孕酮过低。若孕妇本身孕酮过低，也会导致怀孕早期出现阴道出血。这时需要及时检测孕妇的孕酮水平是否过低。如果确实是孕酮低引起的，那么应在医生指导下及时补充孕酮来进行保胎治疗。
总之，怀孕40天时流血要引起重视，及时明确原因，并根据具体情况采取相应的治疗措施。