新生儿艾滋病发病时间存在个体差异，一般来说，约有1/3的新生儿在出生后1年内发病，约2/3的在5岁内发病。
发病时间的影响因素
感染病毒量的差异
母体病毒载量高： 如果孕妇感染艾滋病时体内病毒载量较高，那么新生儿感染后发病可能相对较早。研究发现，母体病毒载量超过一定水平，新生儿在出生后6个月内发病的风险会明显增加。母体病毒载量低： 当母体感染艾滋病时病毒载量较低，新生儿发病时间可能会相对延后，但也不是绝对安全的，仍有发病的可能。
婴儿自身免疫状况
免疫功能较弱的婴儿： 一些新生儿自身免疫功能相对更弱，对病毒的抵御能力差，感染艾滋病后发病往往较早。比如早产儿，由于其免疫系统发育尚不完善，相比足月儿更容易在较短时间内发病。免疫功能相对较好的婴儿： 足月儿中免疫功能相对较好的个体，感染艾滋病后发病时间可能会有所延长，但随着年龄增长，发病的可能性依然存在。
发病早期的表现
生长发育方面
体重增长缓慢： 患病新生儿体重往往不能按照正常的生长曲线增长，可能在出生后几个月内体重增长明显落后于同龄健康新生儿。例如，正常新生儿前3个月体重每月增长约600 - 1000克，而患病新生儿可能每月体重增长不足300克。身高增长迟缓： 除了体重问题，身高增长也会受到影响，身高增长速度明显低于正常新生儿的生长速度。
感染相关表现
反复感染： 新生儿容易出现反复的呼吸道感染，如频繁发生肺炎，表现为咳嗽、气促等症状；还可能反复出现消化道感染，如腹泻，且腹泻症状较难治愈，持续时间较长。皮肤表现： 可能出现一些特殊的皮肤症状，如持续性的皮疹，皮疹形态多样，不易消退，或者出现口腔黏膜的异常改变，如口腔念珠菌感染，表现为口腔黏膜出现白色斑膜等。