子宫发育不良的原因主要有以下几点：
1.内分泌失调：
情绪因素：部分女生可能由于第一次同房，出现紧张、害怕等情绪，并且会精神长时间紧绷，甚至影响睡觉等，则可能导致内分泌失调，以及激素分泌异常，此时则有可能出现月经失调的情况。另外，如果女生日常生活中经常熬夜、压力过大等也会出现相关症状，并不一定是因为第一次同房导致。除月经失调外，还会伴有情绪浮动大、面部油脂分泌过多等症状。
疾病因素：下丘脑-垂体-卵巢轴中的一个或多个环节功能失调，导致卵巢分泌的雌激素和孕激素水平下降，从而影响子宫的发育。
2.染色体异常：
特纳综合征：又称先天性卵巢发育不良，是一种性染色体全部或部分缺失引起的先天性疾病。患者的染色体核型为45，XO。主要表现为身材矮小、生殖器与第二性征不发育和一组躯体的发育异常。
雄激素不敏感综合征：也称为完全型雄激素不敏感综合征，是一种X连锁隐性遗传性疾病。患者的染色体核型为46，XY，由于雄激素受体基因突变，导致雄激素不能发挥作用。主要表现为女性表型，外生殖器发育幼稚，无阴毛和腋毛，乳房不发育，原发性闭经等。
3.其他：
营养不良：青春期身体需要大量的营养物质，如果营养不良，会影响卵巢的发育和功能，导致子宫发育不良。
肾气不足：中医认为肾主生殖，子宫的发育与肾气的盛衰密切相关。如果肾气不足，会导致子宫发育不良。
多次人工流产：反复多次的人工流产，容易引起宫腔感染、宫颈或宫腔粘连，导致子宫颈管狭窄，使经血排出受阻，从而引起月经不调，甚至闭经，进而影响子宫的发育。