总想小便且小便时疼痛可能由以下原因引起：
1.尿路感染：如尿道炎、膀胱炎等，由于炎症刺激，会导致尿频、尿急、尿痛等症状。此外，还可能伴有发热、腰痛等全身症状。治疗一般采用抗生素，如左氧氟沙星、阿莫西林等。
2.前列腺炎：男性患者中较为常见，可出现尿频、尿急、尿痛，排尿时尿道不适或灼热，有时还会出现疼痛放射到阴茎头部，清晨尿道口可有黏液等分泌物，还会出现排尿困难的情况。治疗可使用坦索罗辛、前列康等药物。
3.前列腺增生：多见于老年男性，尿频为早期症状，先为夜尿次数增加，但每次尿量不多。当梗阻加重，膀胱逼尿肌失代偿，发生慢性尿潴留时，尿频更加明显，排尿无力、尿线变细和尿滴沥。药物治疗包括特拉唑嗪、非那雄胺等。
4.膀胱结石：典型症状为排尿突然中断，疼痛放射至远端尿道及阴茎头部，伴排尿困难和膀胱刺激症状。治疗主要采用膀胱镜取石或碎石。
5.其他：尿道口息肉、肿瘤等也可能导致总想小便且小便时疼痛。
如果出现总想小便且小便时疼痛的症状，建议及时就医，进行相关检查，如尿常规、尿培养、超声等，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，要注意个人卫生，多喝水，避免憋尿，少吃辛辣刺激性食物。