大拇指甲上有黑色竖纹的原因主要有以下几种：一是外伤，二是甲母痣，三是灰指甲。
一、外伤：当指甲遭受外伤时，很可能导致指甲下出血，进而致使局部发黑，并且往往伴有显著的疼痛。如果情况不算特别严重，出血通常会自行被吸收。
二、甲母痣：甲母痣与普通的痣类似，只是其生长在甲母部位。随着指甲的生长，就可能会在指甲上呈现出一条黑线，一般不会伴有肿胀或疼痛等表现。
三、灰指甲：灰指甲是由真菌感染引发的，这也有可能使指甲的颜色出现异样，例如会有发黄或者发黑的情况。
总之，大拇指甲上出现黑色竖纹可能是多种因素导致的，需结合具体症状和病史等来综合判断。