新生婴儿做核磁共振一般不会对其健康产生影响，但在某些罕见情况下，可能会出现一些副作用，具体如下：
1.幽闭恐惧症：部分婴儿可能会对核磁共振检查的封闭环境产生恐惧和不安，导致哭闹、挣扎等。但这种情况通常可以通过给予适当的安慰和镇静剂来缓解。
2.过敏反应：极少数婴儿可能对造影剂过敏，出现皮疹、呼吸困难等过敏反应。但在检查前，医生会详细询问过敏史，并根据情况决定是否使用造影剂。
3.体温波动：在检查过程中，婴儿可能会因为身体暴露在磁场中而出现体温波动，但这种情况通常是暂时的，不会对健康造成长期影响。
需要注意的是，核磁共振检查是一种安全有效的检查方法，但在检查前，医生会对婴儿的健康状况进行评估，并告知家长检查的风险和注意事项。家长应积极配合医生的检查安排，并在检查后密切观察婴儿的情况，如有异常应及时就医。