重症肌无力是一种神经肌肉接头传递功能障碍的获得性自身免疫性疾病，其发病原因与自身免疫、遗传等因素有关。约80%~90%的患者血清中可检测到乙酰胆碱受体抗体（AchR-Ab），这是导致发病的重要自身抗体。
自身免疫因素
抗体相关机制：如上述所说，约80%~90%的重症肌无力患者体内存在乙酰胆碱受体抗体。这种抗体能与神经肌肉接头处突触后膜上的乙酰胆碱受体结合，使得乙酰胆碱与受体的结合受到阻碍，影响神经冲动向肌肉的传递，从而导致肌肉无力等症状出现。其他自身抗体参与：除了乙酰胆碱受体抗体外，还有肌肉特异性酪氨酸激酶抗体（MuSK-Ab）等。大约5%~10%的全身型重症肌无力患者会检测到MuSK-Ab阳性，这类抗体主要影响肌肉细胞内的信号传导，进而干扰肌肉的正常功能。
遗传因素
家族聚集现象：部分重症肌无力患者有家族史，研究发现某些遗传基因突变可能与重症肌无力的发病相关。例如，一些与免疫调节相关的基因发生突变时，可能会增加患重症肌无力的风险。不过，遗传因素在重症肌无力发病中所占的比例相对不是特别高，大多数患者是散发的，并非由单一的遗传缺陷导致。基因易感性：某些基因的多态性可能使个体对重症肌无力的易感性增加。比如，人类白细胞抗原（HLA）基因的某些位点与重症肌无力的发病有一定关联。具有特定HLA基因型的人群，相对来说更容易受到自身免疫等因素的影响而患上重症肌无力，但具体的遗传模式比较复杂，不是简单的孟德尔遗传方式。
环境因素影响
感染因素：一些病毒感染可能会诱发重症肌无力。例如，胸腺病毒感染可能与胸腺异常增生有关，而胸腺在重症肌无力的发病中起到重要作用。当人体感染某些病毒后，可能会引起免疫系统的异常反应，进而攻击自身的神经肌肉接头结构，导致重症肌无力的发生或加重病情。比如，有研究发现重症肌无力患者在发病前可能有感冒、病毒感染等病史。药物因素：某些药物也可能诱发或加重重症肌无力。比如，一些抗生素如氨基糖苷类抗生素（如链霉素等），可能会干扰神经肌肉接头处的传递功能，从而诱发重症肌无力症状或者使原有病情加重。还有一些抗心律失常药物等，也可能对神经肌肉接头产生不良影响，导致肌肉无力等表现。