三岁孩子夜里哭闹的原因包括生理性因素，如夜间温度不适、白天过于兴奋或受惊吓等；还可能是维生素D和钙缺乏，会伴有多汗、枕秃等表现；肠胀气，因白天进食问题导致食物难以消化引起绞痛；感染性疾病，如出现上呼吸道感染会影响睡眠导致哭闹。排除生理性因素后应及时就医明确病因并治疗。
一、生理性因素：
1.夜间温度过高或过低会让孩子身体不适而容易哭闹。
2.白天玩得过于兴奋或受到惊吓，晚上睡觉时神经系统可能仍处于兴奋状态，进而出现夜间哭闹现象。
二、维生素D和钙缺乏：
有的孩子缺钙容易夜里哭闹，通常还伴有多汗、枕秃等情况。可让孩子在白天多进行户外活动，或口服维生素D来促进钙的吸收。
三、肠胀气：
由于白天进食过多或过于油腻，导致食物难以消化，引起肠胀气进而导致绞痛，使孩子常常在夜间哭闹。
四、感染性疾病：
如果孩子出现发热、打喷嚏、鼻塞等上呼吸道感染症状，通常会影响睡眠，从而出现夜间哭闹。
总之，当三岁孩子夜里哭闹时，若排除生理性因素，需尽快到医院就诊，明确具体原因，并在医生指导下进行相应治疗。