急性尿道炎通常由细菌感染引起，治疗药物的选择需根据病原体来定。一般来说，常用的药物有抗生素类，如左氧氟沙星等喹诺酮类药物对多数细菌感染导致的急性尿道炎有较好疗效，通常用药后数天内症状可有所缓解。
常用药物类型
抗生素类药物： 对于细菌感染引发的急性尿道炎，常用的有喹诺酮类，像左氧氟沙星，它能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用；还有头孢菌素类，例如头孢克肟，通过抑制细菌细胞壁合成来杀灭细菌。对症缓解症状药物： 如果患者有明显的尿痛症状，可使用碳酸氢钠等碱性药物，它能碱化尿液，减轻尿液对尿道的刺激，一般服用后数小时内可能会感觉尿痛有所减轻。
不同病原体对应的药物
淋病奈瑟菌引起的急性尿道炎： 通常选用头孢曲松等药物进行治疗，一般单次大剂量给药即可，能较快杀灭淋病奈瑟菌。衣原体或支原体引起的急性尿道炎： 常用阿奇霉素等大环内酯类药物，阿奇霉素可以抑制细菌蛋白质合成，一般连续用药数天，能有效针对衣原体或支原体感染。
特殊人群用药注意
孕妇： 孕妇患急性尿道炎时用药需谨慎，一般避免使用喹诺酮类等对胎儿可能有影响的药物，会选择相对安全的头孢类抗生素等，需在医生严格评估后选用。儿童： 儿童患急性尿道炎时，要避免使用对骨骼发育可能有影响的喹诺酮类药物，会根据儿童的年龄、体重等情况选用合适的抗生素，如较小儿童可能选用头孢类的口服制剂等，但必须在医生指导下使用。老年人： 老年人患急性尿道炎时，可能肝肾功能有所减退，用药时要注意药物的代谢情况，选择对肝肾功能影响较小的药物，并且要密切观察用药后的反应，根据情况调整用药方案。