出现蛋白尿的主要原因有多种。其中，肾脏疾病是导致蛋白尿的常见原因之一，比如肾小球肾炎，据统计，约有60% - 70%的蛋白尿患者是因肾小球肾炎引起的。肾小球发生炎症时，肾小球的滤过膜通透性改变，原本不能滤过或滤过很少的蛋白质就会通过肾小球滤过到尿液中，形成蛋白尿。
肾脏疾病相关
原发性肾小球疾病： 像微小病变性肾病，多见于儿童，它会使肾小球上皮细胞足突融合，导致蛋白尿产生。还有膜性肾病，好发于中老年，免疫复合物沉积在肾小球基底膜上，引起滤过膜损伤，出现蛋白尿。继发性肾小球疾病： 糖尿病肾病是常见的继发性肾小球疾病，一般糖尿病病史超过10年的患者中，约有30% - 40%会出现蛋白尿。这是因为长期高血糖损伤了肾小球的微血管，影响了滤过功能。系统性红斑狼疮性肾炎也是，这是一种自身免疫性疾病，当累及肾脏时，自身抗体攻击肾脏组织，导致蛋白尿。
全身性疾病相关
高血压： 长期高血压会导致肾小动脉硬化，肾血流量减少，肾小球滤过功能受损，从而出现蛋白尿。据研究，高血压病史超过5年的患者，发生蛋白尿的风险明显增加。多发性骨髓瘤： 这是一种浆细胞恶性增殖性疾病，患者体内会产生大量异常的免疫球蛋白轻链，这些轻链从肾脏滤过，超过肾小管重吸收能力时，就会出现蛋白尿。
其他因素相关
剧烈运动： 短时间内剧烈运动后可能会出现一过性蛋白尿，一般休息后可恢复正常。这是因为剧烈运动时，身体代谢改变，肾血管痉挛等因素导致肾小球滤过膜通透性暂时改变。药物因素： 某些药物也可能引起蛋白尿，比如氨基糖苷类抗生素，这类药物具有肾毒性，可能损伤肾小管 - 间质，导致蛋白尿产生。