亚临床甲状腺功能减退症通常症状不明显，约有1/3的患者可能没有任何不适表现。但也有部分人会出现一些相关表现。
代谢方面的表现
能量代谢减慢：患者可能会感觉容易疲劳，活动耐力下降。因为甲状腺激素能促进能量代谢，亚临床甲减时甲状腺激素分泌相对不足，身体消耗能量的速度减慢，所以人会容易疲惫。体温偏低：部分患者基础体温可能比正常人略低，比如正常人基础体温在36.0~37.0℃，亚临床甲减患者可能在35.8℃左右，但一般差异不是特别大，需结合个体情况判断。
神经系统相关表现
记忆力减退：患者可能会发现自己近期记忆力不如以前，尤其是对近期发生的事情容易遗忘。这是因为甲状腺激素对神经系统的功能维持有一定作用，甲状腺激素不足会影响神经细胞的代谢等过程，进而影响记忆力。注意力不集中：在工作或学习时，很难长时间集中注意力，容易分心。例如在阅读文章时，很快就会走神，无法持续专注于内容。
心血管系统表现
心率减慢：多数患者静息心率会比正常范围稍低，正常心率是60~100次/分钟，亚临床甲减患者可能在55~90次/分钟左右，但一般不会低于50次/分钟，不过个体差异存在。心输出量减少：心脏泵血功能相对减弱，可能会感觉稍微活动后就有心慌、气短的情况，尤其是进行稍微剧烈一点的活动时，这种症状可能更明显。
消化系统表现
食欲改变：部分患者会出现食欲减退的情况，不想吃东西，食量比平时减少。这是因为甲状腺激素影响胃肠道的蠕动和消化液分泌等功能，甲状腺激素不足导致胃肠道功能紊乱，从而引起食欲变化。便秘：肠道蠕动减慢，大便排出困难，排便次数减少，大便干结。因为甲状腺激素对肠道平滑肌的蠕动有促进作用，甲减时肠道蠕动减慢，粪便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，就容易导致便秘。