急性肠炎通常可以使用止泻药、益生菌、抗生素等药物来缓解症状，一般及时用药后1-3天能有较好改善。
止泻类药物
蒙脱石散：能吸附肠道内的病菌和毒素，保护肠道黏膜，起到止泻作用。成人每次服用1袋（3克），儿童需根据年龄减量服用。比如1岁以下儿童每日1袋，分3次服用；1-2岁儿童每日1-2袋，分3次服用等。黄连素片：有一定的抑菌作用，对肠道细菌感染引起的急性肠炎导致的腹泻有帮助，一般一次服用2-3片，一天3次。
调节肠道菌群药物
双歧杆菌三联活菌胶囊：可以补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的急性肠炎症状。成人一般一次2-4粒，一天2-3次，用温水送服。地衣芽孢杆菌活菌胶囊：同样是补充肠道有益菌的药物，能促进肠道有益菌群生长，抑制有害菌繁殖，成人一次1粒，一天3次。儿童服用时剂量需减半，用温水或牛奶送服。
抗感染药物
左氧氟沙星：如果是细菌感染引起的急性肠炎，且患者没有喹诺酮类药物过敏史等禁忌情况，可以使用左氧氟沙星来抗感染。但需要注意，18岁以下未成年人禁止使用左氧氟沙星，因为可能会影响骨骼发育。头孢类抗生素：如头孢克肟等，对于细菌感染导致的急性肠炎也有较好的抗菌作用。不过使用前需要确认患者不对头孢类药物过敏，一般成人一次服用0.1-0.2克，一天2次，儿童则根据体重等因素调整剂量。
缓解腹痛药物
颠茄片：能解除胃肠道痉挛，缓解急性肠炎引起的腹痛症状。成人一次服用1-2片，一天3次。但青光眼患者禁用，前列腺增生患者也要慎用。山莨菪碱片：也可用于缓解胃肠道痉挛性疼痛，成人一次5-10毫克，一天3次。不良反应有口干、面红、视物模糊等，青光眼患者禁用。