小便的时候刺痛，可能是多种原因引起的。比如尿道炎，女性尿道短且直，更容易发生尿道炎，大约有50%的女性在一生中会遭遇至少一次尿道炎发作。
尿道炎导致的小便刺痛
淋菌性尿道炎： 由淋病奈瑟菌感染引起，主要通过性接触传播。除了小便刺痛，还可能出现尿道口红肿、有脓性分泌物等症状。非淋菌性尿道炎： 多由沙眼衣原体、解脲支原体等感染所致，症状相对淋菌性尿道炎稍轻，尿道分泌物一般为稀薄的黏液性。
膀胱炎引发的小便刺痛
急性膀胱炎： 常见症状有尿频、尿急、尿痛，还可能出现下腹部疼痛，尿液常混浊，有时可出现血尿。多见于女性，尤其是性生活活跃期女性和绝经后女性。慢性膀胱炎： 症状相对迁延，小便刺痛症状时轻时重，可伴有耻骨上膀胱区不适等。
泌尿系统结石造成的小便刺痛
尿道结石： 如果尿道有结石，在排尿时结石可能会刺激尿道黏膜，导致小便刺痛，有时还可出现排尿困难。膀胱结石： 除了小便刺痛，还可能有排尿中断的现象，改变体位后又能继续排尿。
其他可能的原因
外伤： 尿道受到外界撞击等外伤后，小便时可能会出现刺痛。过敏： 对某些物质过敏，如使用了不合适的卫生用品等，也可能导致尿道出现刺痛等不适症状。