霉菌性龟头炎主要靠抗真菌药物治疗，常用的有克霉唑乳膏等，一般坚持用药1-2周左右能有较好效果。
外用抗真菌药物常见类型
克霉唑乳膏：它是广谱抗真菌药，能抑制真菌细胞膜的合成，对多种真菌有抗菌作用。直接涂抹在龟头患处，一天涂抹2-3次，用药时要清洁龟头局部，保持干燥。咪康唑乳膏：同样属于咪唑类抗真菌药，通过干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌功效。用法也是局部外用，涂抹于龟头病变部位，早晚各一次。
口服抗真菌药物情况
氟康唑：这是一种口服的三唑类抗真菌药，它能抑制真菌细胞色素P450依赖酶，阻碍真菌细胞膜主要成分麦角固醇的生物合成，达到抗真菌目的。不过，肝功能不全者要慎用，一般是单次口服一定剂量，但具体剂量需遵医嘱，因为要根据病情严重程度等因素调整。伊曲康唑：也是三唑类抗真菌药物，它可以高度选择性干扰真菌的细胞色素P450的活性，抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，发挥抗真菌作用。口服时也有相应的用药注意事项，比如可能对胃肠道有一定刺激，且同样需要在医生指导下根据病情来确定用药方案。
治疗中的注意事项
保持局部清洁：患者要每天用清水清洗龟头部位，保持局部的清洁干燥，避免污垢堆积加重感染。清洗时要注意动作轻柔，避免损伤龟头皮肤。暂停性生活：在治疗霉菌性龟头炎期间，要暂停性生活，防止交叉感染给性伴侣，同时也避免性生活刺激加重龟头炎症。伴侣同治：如果性伴侣有霉菌性阴道炎等情况，也要一起进行治疗，否则容易反复感染霉菌性龟头炎。注意药物不良反应：无论是外用还是口服抗真菌药物，都要留意可能出现的不良反应，比如外用药物可能引起局部刺激症状，口服药物可能影响肝功能等，若出现严重不良反应要及时就医。