子宫内膜异位症的发病原因目前尚未完全明确，但有几种主要的学说。其中种植学说较为被认可，经血逆流时，子宫内膜碎片随经血通过输卵管逆流进入盆腔，种植在盆腔脏器或盆腔腹膜表面，并在此处生长、蔓延，就可能引发子宫内膜异位症。据统计，约10% - 15%的育龄女性患有子宫内膜异位症。
经血逆流相关因素
经期剧烈运动：女性在经期如果进行剧烈运动，比如快跑、跳高这类运动，会增加经血逆流的概率，使得子宫内膜碎片更易通过输卵管逆流到盆腔。经期性生活：经期性生活也会对经血逆流产生影响，它可能会促使子宫收缩，从而增加经血逆流进入盆腔的可能性，进而增加患子宫内膜异位症的风险。
遗传因素影响
家族遗传倾向：如果家族中有女性亲属患有子宫内膜异位症，那么其他女性成员患病的风险会相对增高。研究发现，子宫内膜异位症具有一定的遗传易感性，某些基因的突变可能与发病相关。比如有相关研究表明，携带特定基因变异的人群，患子宫内膜异位症的几率比常人高出一定比例。
免疫防御功能异常
免疫系统功能缺陷：人体的免疫系统具有清除异位内膜细胞的作用，但如果免疫系统功能出现缺陷，就无法有效清除逆流到盆腔的子宫内膜碎片。例如，一些自身免疫性疾病患者，由于免疫系统异常，患子宫内膜异位症的风险可能会增加。巨噬细胞功能异常：巨噬细胞在清除异位内膜细胞过程中起着重要作用，如果巨噬细胞功能出现异常，不能很好地吞噬和清除逆流到盆腔的子宫内膜组织，也容易导致子宫内膜异位症的发生。