龟头上有小水泡可能由非感染性原因、生殖器疱疹、龟头炎等导致，可在医生指导下用药治疗。以下具体说明：
一、非感染性原因：
1.性生活粗暴、用力摩擦或局部清洁不足等可引发龟头上有小水泡，通常疼痛不明显且可自行缓解。
二、生殖器疱疹：
1.这是由单纯疱疹病毒引起的一种性传播疾病。
2.会出现龟头上、阴部或肛周有小水泡，同时伴有发烧、疼痛、头痛、疲劳等症状。可遵医嘱使用盐酸伐昔洛韦片、阿昔洛韦片、泛昔洛韦片等药物进行治疗。
三、龟头炎：
1.也常常会使龟头上出现小水泡，甚至有糜烂、渗出和出血现象。
2.可在医生指导下使用盐酸左氧氟沙星胶囊、氟康唑胶囊、伊曲康唑胶囊等药物进行治疗。
建议治疗期间每天认真清洗生殖器，勤换内裤，避免剧烈运动，注意多休息，不要长时间熬夜，防止过度劳累。总之，当发现龟头上有小水泡时，要及时就医，明确原因后进行针对性治疗，并做好日常护理。