晨起有眼屎通常由结膜炎、角膜炎、干眼症等因素引发，可通过用药等方式治疗。具体如下：
一、结膜炎：一般是细菌侵入眼睑板导致周围组织出现炎症反应，脱落的上皮细胞和变性白细胞会形成脓性分泌物并在眼部堆积，这常常会致使晨起有眼屎。可遵医嘱使用左氧氟沙星、妥布霉素滴眼液等药物来治疗。
1.左氧氟沙星：为喹诺酮类抗菌药，对多种细菌有抑制和杀灭作用。
2.妥布霉素滴眼液：能有效对抗眼部的细菌感染。
二、角膜炎：多因眼睛清洁不当等致使角膜组织出现炎症反应，角膜组织受炎症刺激会产生大量分泌物，因晚上睡觉时眼睛活动减少，分泌物就在表皮蓄积，从而出现晨起有眼屎。可在医生指导下使用头孢菌素、妥布霉素等药物治疗。
1.头孢菌素：是一类广谱抗生素，可用于对抗感染。
2.妥布霉素：对多种病原菌有较好疗效。
三、干眼症：由于年龄增长或环境影响使得泪液分泌不足，造成腺管阻塞，皮脂分泌增多，表现为眼睛干涩、黏液增多，会在清晨出现上下眼睑被黏液或分泌物粘连等情况，进而表现为晨起有眼屎。可遵医嘱使用溴己新、新斯的明等药物进行治疗。
1.溴己新：可促进黏液排出。
2.新斯的明：可刺激腺体分泌。
此外，还有其他情况也可能导致晨起有眼屎，建议患者及时就医，在医生指导下进行相应处理。总之，当出现晨起有眼屎的情况时，应重视并根据具体病因采取合适的治疗措施。