月经干净第二天同房存在怀孕的可能，也存在不怀孕的可能。以下是具体分析：
一、对于月经较为规律的女性，月经干净后第二天处于安全期范围，通常不会有排卵现象，所以此时同房怀孕的几率较小，基本不太会怀孕。
二、但如果女性月经不规律，就可能出现排卵异常、提前排卵的情况。而精子在女性体内能存活2至3天左右，这种情况下同房就有可能导致怀孕的发生。
所以，在同房时应尽量做好避孕措施，比如佩戴避孕套。佩戴避孕套不仅可以有效预防怀孕，同时还能防止细菌病毒的入侵，进而避免妇科疾病的产生。
总之，月经干净第二天同房是否会怀孕不可一概而论，要根据女性的月经情况来判断，同时无论何时都要做好避孕和预防疾病的措施。