灰趾甲医学上称为甲真菌病，治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来治疗。外用药物治疗时，比如可以使用阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，坚持使用几个月可能会有效果，但起效相对较慢。
外用药物治疗
局部外用抗真菌制剂：常用的有阿莫罗芬甲搽剂，它能渗透进入甲板发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后按照说明书涂抹。不过一般需要连续使用数月，通常每周使用1 - 2次，坚持使用才能看到效果。环吡酮胺甲涂剂：也可用于灰趾甲的治疗，它通过改变真菌细胞膜的完整性来起到杀菌作用。使用前同样要将病甲清洁干净，然后涂抹药物，每天使用1 - 2次，持续使用较长时间。
口服药物治疗
伊曲康唑：是一种常用的口服抗真菌药物，采用冲击疗法，即服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它可以抑制真菌细胞的麦角固醇合成，从而发挥抗真菌效果。不过在服用伊曲康唑前，需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬：也是口服抗真菌药，每天服用一次，连续服用的时间根据病甲的情况而定，一般手指甲癣需要连续服用6 - 12周，脚趾甲癣需要连续服用12 - 16周。它通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，干扰真菌细胞壁的合成来发挥作用。
手术治疗
拔甲术：过去采用拔甲的方式治疗灰趾甲，但现在已经较少单独使用。因为单纯拔甲后新长出来的指甲仍可能再次被真菌感染，而且拔甲后恢复时间较长，还可能会有疼痛等不适。现在多是在拔甲后配合外用或口服抗真菌药物来治疗。激光治疗：近年来也有应用，利用特定波长的激光来破坏真菌细胞。不过激光治疗灰趾甲需要多次进行，而且费用相对较高，效果也因人而异。
日常注意事项
保持脚部清洁干燥：要经常洗脚，勤换袜子，保持脚部的干燥环境。因为真菌喜欢温暖潮湿的环境，保持干燥可以抑制真菌的生长繁殖。避免穿不透气的鞋子：像塑料鞋、橡胶鞋等不透气的鞋子会使脚部处于闷热潮湿的环境，容易滋生真菌，所以应尽量选择透气的鞋子，如棉质、网面的鞋子。不与他人共用鞋袜、脚盆等物品：灰趾甲具有传染性，与他人共用鞋袜等物品容易将真菌传染给他人，也可能导致自身其他指甲感染。