两个月宝宝消化不良可遵医嘱用以下药物治疗：
一、健胃消食片：如果两个月宝宝进食过多、过快，易引发胃肠道功能紊乱而致消化不良，出现腹痛、腹泻、恶心、呕吐等症状。此时可遵医嘱服用健胃消食片，其可用于改善脾胃虚弱所致的消化不良症状。该药物主要成分为太子参、陈皮、山药、麦芽（炒）、山楂等。
二、复合凝乳酶胶囊：这是一种处方药，通常能用于治疗各类急慢性胃炎，胃下垂、胃大部切除后所致的上腹部不适、食欲不振等，也适用于婴儿消化不良症状。其成分主要为凝乳酶、胃蛋白酶、黏蛋白、双歧因子等。
三、小儿胃宝片：作为一种中成药，可消食化积、健脾养胃，常用于改善小儿伤食伤乳、呕吐泄泻、脾虚胃弱、消化不良等症状。但便秘者或对该药物成分过敏者不建议服用，以免引发皮疹、呕吐等副作用。主要成分有山楂（炒）、山药（炒）、麦芽（炒）、六神曲（炒）、鸡蛋壳（焙）等。
除以上药物外，两个月宝宝消化不良还可服用其他药物如肥儿丸等，具体应遵医嘱服用。总之，当宝宝出现消化不良症状时，应根据具体情况选择合适的药物进行治疗，并在医生指导下用药，同时要注意宝宝的饮食和生活护理。