牙齿根部发黑可能是以下原因导致的：
1.外源性色素沉着：长期吸烟、喝咖啡、饮茶等，或长期接触某些药物，可能导致牙齿根部沉着外来色素，使牙齿颜色变黑。
2.龋齿：如果牙齿龋坏，细菌会分解食物中的糖分产生酸，使牙齿脱矿，进而形成龋洞，牙齿表面会呈现黑色。
3.牙髓坏死：牙齿受到外伤、龋齿等原因导致牙髓感染、坏死，血液中的血红蛋白分解产物会进入牙本质小管，使牙齿呈现黑色。
4.四环素牙：在牙齿发育期间，服用了四环素类药物，药物会与牙齿组织结合，使牙齿呈现黄色或棕色。
5.牙结石：牙结石是由牙菌斑和食物残渣等在牙齿表面沉积形成的，牙结石堆积过多，会使牙龈缘变黑。
针对不同原因导致的牙齿根部发黑，治疗方法如下：
1.外源性色素沉着：可以通过洗牙的方法去除牙齿表面的色素沉着。
2.龋齿：需要去除龋坏的组织，然后进行补牙。如果龋坏严重，可能需要进行根管治疗。
3.牙髓坏死：需要进行根管治疗，去除感染的牙髓组织，然后进行根管充填和牙冠修复。
4.四环素牙：轻度的四环素牙可以通过冷光美白等方法改善牙齿颜色；严重的四环素牙可能需要进行贴面或烤瓷牙修复。
5.牙结石：可以通过洗牙的方法去除牙结石。
需要注意的是，牙齿根部发黑可能是多种原因导致的，建议及时就医，明确诊断后进行相应的治疗。同时，要保持良好的口腔卫生习惯，定期洗牙，预防口腔疾病的发生。