十二指肠溃疡常用的药物主要有抑制胃酸分泌的药物、保护胃黏膜的药物以及根除幽门螺杆菌的药物等。一般来说，通过规范用药可以有效治疗十二指肠溃疡。
抑制胃酸分泌的药物
质子泵抑制剂：这类药物能强效抑制胃酸分泌，常用的有奥美拉唑，它可以特异性地作用于胃黏膜壁细胞，阻断胃酸分泌的最后步骤，从而减少胃酸对溃疡面的刺激。比如兰索拉唑也是常见的质子泵抑制剂，能有效降低胃酸浓度。H₂受体拮抗剂：像雷尼替丁，它能竞争性阻断组胺H₂受体，减少胃酸分泌，作用持续时间较长，对缓解十二指肠溃疡的疼痛等症状有一定效果；法莫替丁也是H₂受体拮抗剂，抑制胃酸分泌的作用比雷尼替丁更强一些。
保护胃黏膜的药物
铋剂：枸橼酸铋钾是常用的铋剂，它可以在溃疡表面形成一层保护膜，隔绝胃酸、胃蛋白酶等对溃疡面的侵蚀，还能促进黏膜修复和溃疡愈合。胶体果胶铋也是类似的作用，能在胃内形成溶胶，附着于胃黏膜表面，起到保护胃黏膜的作用。弱碱性抗酸剂：铝碳酸镁就是一种弱碱性抗酸剂，它能中和胃酸，还可以吸附胃蛋白酶，促进前列腺素合成，从而保护胃黏膜，迅速缓解胃痛等不适症状。
根除幽门螺杆菌的药物
如果十二指肠溃疡是由幽门螺杆菌感染引起的，就需要进行根除幽门螺杆菌治疗。通常采用联合用药方案，比如质子泵抑制剂（如奥美拉唑）+铋剂（如枸橼酸铋钾）+两种抗生素（如阿莫西林、克拉霉素）。阿莫西林是常用的抗生素，对多种细菌有抑制作用；克拉霉素也是常用的抗生素之一，能有效杀灭幽门螺杆菌，但要注意对克拉霉素过敏者不能使用。一般来说，需要按疗程规范用药来根除幽门螺杆菌，从而促进十二指肠溃疡的愈合和预防复发。