小肝癌的治疗方法需根据患者具体情况综合选择，一般来说，早期小肝癌手术切除是较为有效的治疗方式，约有部分小肝癌患者通过手术切除有较好预后。
手术治疗方面
根治性手术切除： 对于符合手术指征的小肝癌患者，手术切除是首选方案之一。如果患者肝脏功能良好，肿瘤局限且没有远处转移，手术切除后有较大机会治愈。例如，单个直径≤5厘米的小肝癌，通过手术完整切除肿瘤，5年生存率较高。肝移植： 对于一些特殊情况的小肝癌患者，如合并肝硬化且不适合做局部切除的患者，肝移植也是一种选择。肝移植可以同时去除肿瘤和硬化的肝脏，但肝移植受供体来源等因素限制，且费用相对较高。
局部消融治疗
射频消融： 利用射频电流产生的热量使肿瘤组织凝固坏死。适用于瘤体直径≤5厘米，数目≤3个的小肝癌患者。在B超或CT引导下进行，创伤相对较小，恢复较快。一般单次射频消融可使肿瘤坏死，但对于较大的肿瘤可能需要多次治疗。微波消融： 原理是通过微波产生的热能使肿瘤组织凝固坏死。与射频消融类似，适用于较小的肝癌病灶，对于直径≤3厘米的单个肿瘤疗效较好，其热效率相对较高，对于一些特殊部位的肿瘤可能更具优势。
局部放疗
立体定向放疗： 这是一种局部精确放疗手段，对于不能手术切除的小肝癌患者可以考虑。通过高剂量的放射线聚焦照射肿瘤部位，达到杀灭肿瘤细胞的目的。对于一些身体状况不适合手术，或者手术后有残留病灶的小肝癌患者有一定疗效，但可能会有一些放射性肝炎等副作用。