新生儿眼底筛查一般情况下不会有危害，但操作不当可能引发多种问题，包括眼睑损伤、结膜炎、结膜出血等，需咨询医生详细了解。具体如下：
一、眼睑损伤：
眼底筛查主要用于查看新生儿视网膜发育状况。检查时会用到扩眼器，若操作不恰当，就可能导致眼睑损伤。为避免此情况，在检查过程中必须操作规范且动作轻柔。
二、结膜炎：
新生儿出生后机体免疫力相对较低，而眼底筛查属于侵入性操作。若未严格执行无菌操作，可能使结膜发生感染。此时可在医生指导下使用红霉素眼膏、注射用头孢唑林钠注射液等药物。
三、结膜出血：
进行眼底筛查时通常需要表面麻醉，若麻醉过程操作不当，可能引起结膜出血。所以操作时要格外轻柔，且操作结束后应使用眼药水进行治疗，以防出现异常状况。
此外，还可能导致视网膜病变等情况，建议选择适宜方式进行缓解。
总之，虽然新生儿眼底筛查通常较为安全，但操作不当可能带来一系列不良后果，需要格外注意操作的规范性和正确性。