长期吃阿卡波糖可能会带来一些危害，比如胃肠道方面，部分人在用药初期可能出现腹胀、排气增多等情况，有的患者发生率能达到一定比例，一般随着用药时间延长可能会有所减轻，但也有少数人一直比较明显。
胃肠道不适方面
腹胀表现： 大约有10% - 20%的人在开始服用阿卡波糖的前几周内会出现腹胀症状，这是因为阿卡波糖会抑制小肠对碳水化合物的消化吸收，导致肠道内未被消化的碳水化合物被肠道细菌分解发酵，产生气体，从而引起腹胀。排气增多情况： 同时，排气增多也是常见的胃肠道反应之一，有的患者每天排气次数可能比平时增加2 - 3次甚至更多，这是肠道内气体增多排出的表现。
营养吸收相关影响
维生素吸收可能受影响： 长期服用阿卡波糖可能会对某些维生素的吸收产生一定影响，比如维生素B12的吸收可能会有轻度下降，不过一般不会导致严重的维生素缺乏，但如果本身有维生素缺乏倾向的人群，需要密切关注。矿物质吸收情况： 对一些矿物质的吸收也可能有轻微影响，不过通常程度较轻，在正常饮食情况下，一般不会造成明显的矿物质缺乏问题，但还是建议定期监测相关指标。
低血糖风险及其他方面
低血糖相关风险： 单独长期服用阿卡波糖一般不会引发低血糖，但如果与其他降糖药物如胰岛素、磺脲类药物联用时，就会增加低血糖的发生风险。比如与磺脲类药物联用时，发生率可能比单独使用阿卡波糖时高5%左右。其他罕见危害： 极少数人可能会出现皮疹等过敏反应，不过发生概率非常低，约为0.1%左右；还有极个别情况可能会影响肝功能，导致转氨酶轻度升高，但这种情况十分罕见。