胎儿停育的原因有多种。据统计，约50%-60%的早期胚胎停育是由于染色体异常导致的。
染色体因素：
胚胎自身染色体问题： 受精卵在发育过程中，染色体发生数目或结构的异常，比如出现三体、单体等情况，使得胚胎无法正常发育，从而导致停育。这种情况是自然淘汰的一种表现，因为异常的染色体无法支持胚胎正常生长。父母染色体异常： 若父母双方有一方存在染色体平衡易位、倒位等情况，也可能遗传给胎儿，影响胎儿染色体的正常组成，增加胎儿停育的风险。例如，父亲或母亲携带平衡易位染色体，传递给胎儿后，就可能干扰胎儿正常的发育进程。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全时，孕激素分泌不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的环境，容易导致胎儿停育。一般来说，孕酮值低于正常范围时，就可能存在风险。甲状腺功能异常也会影响胎儿发育，甲状腺功能减退会使机体代谢减缓，影响胚胎的生长发育；甲状腺功能亢进时，过高的激素水平也可能干扰妊娠过程。全身性疾病： 孕妇患有严重的全身性疾病，如严重的糖尿病未控制好、高血压、心脏病心功能不全等，会影响胎盘的血液供应和营养物质的输送，使胎儿得不到充足的养分和氧气，进而引发胎儿停育。比如，患有严重糖尿病的孕妇，高血糖环境不利于胚胎发育。
子宫因素：
子宫解剖异常： 子宫畸形，如纵隔子宫、单角子宫等，会影响子宫腔的形态和容积，使得胚胎着床和发育的空间受限。子宫肌瘤尤其是黏膜下子宫肌瘤，会改变宫腔内环境，阻碍胚胎的正常生长。较大的子宫肌瘤可能会压迫胚胎，影响其血供。子宫内膜病变： 子宫内膜过薄或过厚都不利于胚胎着床。子宫内膜炎等病变会破坏子宫内膜的正常结构和功能，影响胚胎的种植和发育。例如，子宫内膜厚度小于7mm时，胚胎着床的成功率会降低，增加胎儿停育的可能性。
免疫因素：
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体等自身抗体，会导致胎盘血管血栓形成，影响胎盘的血液循环，使胎儿缺氧、营养供应不足，从而引发胎儿停育。抗磷脂抗体阳性的孕妇发生胎儿停育的风险相对较高。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，免疫系统将胚胎视为外来物进行攻击，也会导致胎儿停育。这种情况在反复发生胎儿停育的孕妇中较为常见。