肥儿疳积颗粒的副作用目前临床报道相对较少，但仍需关注。一般来说，正常按照医嘱服用时副作用发生概率较低，但个体差异不同，也可能出现一些情况。
胃肠道方面的可能反应
消化道不适： 个别患儿在服用肥儿疳积颗粒后可能出现胃肠道不适，比如偶尔会有轻度的恶心、呕吐症状。这可能是因为药物成分对胃肠道产生了一定刺激，但通常程度较轻，一般不影响继续用药。腹泻情况： 少数患儿可能出现腹泻症状，不过一般腹泻程度也比较轻微，大多是稀便，若腹泻不严重，可继续观察，多数能自行缓解。
过敏相关情况
皮肤过敏表现： 极个别患儿可能对肥儿疳积颗粒中的某些成分过敏，出现皮肤过敏反应，如皮肤瘙痒、皮疹等。一旦出现皮肤瘙痒，患儿可能会不停搔抓；皮疹可能表现为红色的小丘疹，分布在身体的不同部位。严重过敏风险： 虽然严重过敏反应较为罕见，但也不能忽视，若出现呼吸困难、面部肿胀等严重过敏表现，需立即停药并就医处理。
特殊人群需留意的情况
儿童用药需谨慎： 对于儿童来说，由于其肝肾功能发育尚未完全成熟，在服用肥儿疳积颗粒时，相对成人更容易出现一些未知的副作用风险。所以儿童服用该药物时，必须在成人监护下，严格按照医生规定的剂量服用，不能自行增减药量。老年人用药情况： 老年人肝肾功能有所减退，对药物的代谢和耐受能力下降，服用肥儿疳积颗粒时，发生副作用的可能性相对增加，所以老年人服用该药物时要更加谨慎，需在医生评估后，根据自身身体状况合理使用。