阴茎短小通常由促性腺激素分泌异常、原发性小阴茎或尿道下裂等因素引发。阴茎短小指的是阴茎外观正常，但长度小于同年龄段人群平均长度的2.5个标准差。一般成年男性阴茎平均长度在8.1厘米至10.6厘米之间，周径为8.3厘米至12.1厘米。
一、促性腺激素分泌异常。当下丘脑垂体功能异常时，会导致促性腺激素分泌不足或过多，使得睾酮水平低下或功能减弱，进而影响阴茎发育，比如脑发育异常等情况均会造成阴茎短小。具体来说，下丘脑和垂体是人体内分泌系统中非常重要的部分，它们对促性腺激素的分泌起着关键的调控作用。如果下丘脑或垂体出现问题，如发育不良、功能障碍等，就可能导致促性腺激素分泌的异常，从而对阴茎的正常发育产生不利影响。
二、原发性小阴茎。受遗传因素影响较大，有些患者在青春期阴茎会出现增长，但其病因并不十分明确，可能是由于性睾酮分泌下降导致，也可能是因为雄激素受体异常从而出现阴茎短小症状。遗传因素在原发性小阴茎的发生中起着重要作用，可能通过影响相关基因的表达或功能来导致阴茎发育异常。此外，睾酮水平和雄激素受体的状态也对阴茎的发育至关重要，如果这些方面出现问题，就容易引发原发性小阴茎。
三、尿道下裂。这是一种较为常见的先天性生殖器畸形病症，也会导致阴茎短小现象。尿道下裂主要是由于胚胎发育过程中尿道的形成出现异常所致，这种畸形不仅会使阴茎外观发生改变，包括阴茎短小、尿道口位置异常等，而且还可能影响到排尿和性功能。
总之，阴茎短小可能由多种原因引起，了解这些原因对于诊断和治疗具有重要意义。