复方磷酸可待因口服溶液可能会带来一些副作用。一般来说，常见的副作用包括胃肠道反应，比如可能会出现恶心、呕吐等情况。有研究显示，约10% - 20%使用该药物的患者会出现不同程度的胃肠道不适。
神经系统方面的副作用
困倦与嗜睡： 部分人服用后会有困倦、嗜睡的表现，这是因为可待因等成分对中枢神经系统有一定影响，可能会影响日常的活动能力，例如在服药后开车、操作机械等需要高度集中注意力的活动就需要格外谨慎，因为可能会因嗜睡而发生危险。头晕： 大约5% - 10%的使用者可能会出现头晕症状，这会影响身体的平衡感和协调能力，走路时可能会有不稳的情况。
呼吸系统相关副作用
呼吸抑制风险： 虽然相对较少见，但复方磷酸可待因口服溶液可能会对呼吸系统产生抑制作用，尤其是对于一些特殊人群，如老年人、呼吸功能原本就较弱的人。正常情况下，它会抑制呼吸中枢，导致呼吸频率减慢、呼吸深度变浅，如果使用不当或者个体对药物敏感，可能会引发较为严重的呼吸问题。不过这种严重副作用发生的概率较低，大约在0.1% - 0.5%左右，但一旦发生需要立即就医处理。痰液黏稠不易咳出： 可待因属于中枢性镇咳药，它在抑制咳嗽中枢的同时，也可能会使呼吸道腺体分泌减少，导致痰液变得黏稠，从而不易咳出，对于本身有呼吸道疾病，如慢性支气管炎等患者，可能会加重病情，使痰液在呼吸道内积聚，引发更严重的呼吸道感染等问题。
其他可能的副作用
过敏反应： 个别人可能会对复方磷酸可待因口服溶液中的某些成分过敏，出现皮疹、瘙痒、皮肤发红等过敏症状，严重的过敏反应可能会出现喉头水肿、呼吸困难等，虽然过敏反应的发生率较低，大约在0.5%以下，但一旦发生需紧急处理。成瘾性风险： 长期或过量使用复方磷酸可待因口服溶液可能会产生成瘾性，可待因是一种阿片类物质，连续使用一定时间后，人体可能会对其产生依赖，一旦停药可能会出现戒断症状，如烦躁不安、流泪、流涕、出汗等，所以必须严格按照医生的指导使用，不能自行长期大量服用。