囟门凹陷主要由体内失水、不当喂养、疾病因素等导致。具体如下：
一、体内失水：
1.囟门是宝宝出生时骨骼未完全发育好而形成的，包括前囟门和后囟门，正常囟门约1.5×2厘米，呈平坦或稍凹陷状态。若只是轻微凹陷，可能与体位有关，无需担心。但囟门凹陷严重时，通常是体内失水。因为颅内脑脊液以及身体血液和组织液不断交换以保持平衡，当孩子出现脱水症状，如重度腹泻、高热、恶心、呕吐等导致大量液体丢失时，就会引起囟门明显凹陷。
二、不当喂养：
1.孩子若不是纯母乳喂养，而是混合喂养或配方奶粉喂养，喂养不当以及吸收不良会导致营养不良，严重时可造成患儿过度消瘦，进而引发囟门凹陷。
三、疾病因素：
1.缺乏微量元素钙、维生素D，或患有遗传性疾病以及代谢性疾病如甲状腺功能低下引起的呆小症等，都可能出现囟门凹陷。
当出现囟门凹陷症状时，首先要明确病因，然后可在医生指导下进行治疗，平时饮食要尽量保持均衡。
总结提示：文章阐述了囟门凹陷的原因包括体内失水、不当喂养、疾病因素等，并分别对这些因素进行了详细说明，强调出现该症状时要确定病因并治疗，且饮食需均衡。