凌晨三点醒来可能涉及的脏器问题主要有以下几点：
1.肝脏：凌晨1至3时是肝经当令，此时肝经旺，若肝的排毒功能下降，人体就会出现疲劳、乏力、口臭、面色发暗、长斑等症状。
2.肺部：凌晨3至5时是肺经当令，此时肺经旺，若肺的功能不好，人体就会出现咳嗽、气喘、胸闷、易感冒等症状。
3.心脏：凌晨5至7时是心经当令，此时心经旺，若心脏功能不好，人体就会出现心慌、心悸、心痛、失眠、多梦等症状。
4.肾脏：凌晨7至9时是肾经当令，此时肾经旺，若肾脏功能不好，人体就会出现腰酸、腰痛、尿频、尿急、脱发、白发等症状。
如果经常在凌晨三点醒来，建议及时就医，进行相关检查，以确定具体原因，并采取相应的治疗措施。同时，保持良好的生活习惯，如作息规律、饮食健康、适量运动等，也有助于改善脏器功能。