生殖器疱疹主要通过抗病毒药物治疗来控制发作，一般可以用阿昔洛韦等药物。通常发作期规范用药能有效缓解症状，缩短病程，比如阿昔洛韦能在1~2天内减轻症状。
抗病毒药物选择
阿昔洛韦： 属于核苷类抗病毒药物，能抑制单纯疱疹病毒DNA聚合酶，阻止病毒复制，对初发的生殖器疱疹有较好疗效。伐昔洛韦： 是阿昔洛韦的前体药物，生物利用度比阿昔洛韦高，服用后在体内转化为阿昔洛韦发挥作用，疗效与阿昔洛韦相当，但服用次数相对较少。
局部治疗要点
清洁护理： 保持生殖器部位清洁干燥，可用生理盐水清洗患处，防止继发细菌感染。每天至少清洗1~2次，避免用刺激性强的清洁剂。外用药物： 可以使用阿昔洛韦乳膏等外用抗病毒药膏，直接涂抹在患处，能在一定程度上减轻局部症状，促进愈合，但单独使用效果可能不如口服抗病毒药物联合治疗。
预防复发措施
增强免疫力： 日常生活中要注意均衡饮食，保证摄入充足的蛋白质、维生素等营养物质，像瘦肉、新鲜蔬菜水果等。还要适当运动，每周至少进行3次有氧运动，每次30分钟以上，有助于提高身体免疫力，降低复发几率。一般建议运动后身体微微出汗为宜。避免诱因： 要避免过度劳累、精神紧张等诱发因素。比如熬夜会使身体免疫力下降，应保证每天7~8小时的充足睡眠。还要避免与疱疹患者密切接触，防止再次感染。