孩子不爱吃饭个子矮可能有生理性原因与病理性原因。
一、生理性原因主要是进食零食多。孩子如果吃了较多零食，那么到正餐时就不会感到饥饿。而零食往往缺乏发育所需的营养物质，这样一来，孩子正常营养的摄入就会出现问题，进而影响其正常的生长发育。
二、病理性原因包括：
1.微量元素缺乏。微量元素锌参与消化酶的分泌，缺乏后会引起消化酶分泌异常，进而导致粘膜增生和角化不全，会使大量脱落的上皮细胞堵塞味蕾小孔，从而影响味觉和食欲。
2.脾胃功能疾病。脾胃功能疾病会引发食欲不振和消化不良，这同样会影响孩子的营养摄入，导致机体无法吸收到足够的发育所需营养物质，最终致使孩子个子长得慢。
此外，还有其他原因也可能造成孩子不爱吃饭个子矮的情况，如果症状比较严重，就需要及时就医，明确病因后进行针对性治疗。
总之，当孩子出现不爱吃饭个子矮的情况时，要综合考虑各种可能的原因，以便采取合适的措施来改善。